Không chỉ có tác dụng ngừa thai, bao cao su còn là phương tiện có hiệu quả nhất trong việc phòng chống HIV và các bệnh lây qua đường tình dục.
Nhiều nghiên cứu chỉ ra rằng bao cao su có thể làm giảm nguy cơ nhiễm HIVxuống từ 80 – 93%. Tuy nhiên, vẫn còn một số người sử dụng bao cao su một cách sai lầm.
Không kiểm tra nhãn mác. Luôn kiểm tra nhãn khi mua bao cao su. Điều này không bao giờ thừa bởi có một số loại có thể gây dị ứng khi sử dụng. Cục Thực phẩm và Dược phẩm Mỹ (FDA) đã phê duyệt bao cao su chứa polyurethane có hiệu quả trong việc ngăn ngừa HIV cũng như giúp tăng khoái cảm trong lúc "hành sự".
Không kiểm tra hạn sử dụng. Như bất kỳ loại sản phẩm nào, bao cao su cũng có thời hạn sử dụng, vì thế cần thường xuyên kiểm tra để loại bỏ những bao cao su quá hạn. Không những thế, tránh để "áo mưa" tiếp xúc với nhiệt (ví dụ trong tủ lạnh, ví, hộc xe) bởi có thể khiến nó bị rút ngắn tuổi thọ hoặc bị rách do uốn cong hay va đập. Điều này đặc biệt đúng đối với bao cao su bôi trơn có chất diệt tinh trùng . Đồng thời, cũng cần tránh sử dụng các loại bao cao su mới lạ (ví dụ bao cao su có mùi hương) vì các chất phụ gia và đường có khả năng ảnh hưởng đến các mô trực tràng hoặc âm đạo.
Sử dụng chất bôi trơn không đúng. Sử dụng chất bôi trơn có nguồn gốc từ dầu có thể tăng gấp đôi tỷ lệ thất bại khi dùng bao cao su so với chất bôi trơn có nguồn gốc chủ yếu từ nước. Một số nghiên cứu cho thấy chất bôi trơn (propylene glycol hoặc glyxerin) có thể gây thiệt hại cho biểu mô, đặc biệt là nếu sử dụng trong quá trình quan hệ tình dục qua đường hậu môn. Tóm lại, chất bôi trơn có nguồn gốc từ nước thích hợp hơn khi sử dụng cùng với bao cao su.
Kích thước không phù hợp. Theo nghiên cứu từ Đại học Emory (Mỹ), 13% nam giới được khảo sát nói rằng họ bị tuột bao cao su trong quá trình quan hệ tình dục. Một nghiên cứu khác cho thấy 21% đàn ông Mỹ gốc Phi không sử dụng bao cao su vì chúng quá chật. Cả hai vấn đề trên đều liên quan trực tiếp đến kích thước bao cao su, trong khi đó, nhiều người vẫn nghĩ rằng kích thước của bao cao su tương ứng với tất cả các loại dương vật. Tiến sĩ, chuyên gia tình dục Elizabeth Boskey của trang About.com cho biết tùy theo thể trạng của nam giới mà "cậu nhỏ" cũng sẽ có kích cỡ khác nhau. Việc đeo bao quá chật hay quá rộng sẽ dễ gây ra những tai nạn không đáng có khi quan hệ tình dục.
